程式华长期从事水稻遗传育种研究，在水稻遗传育种特别是三系法超级杂交稻遗传育种研究方面取得了具有国际领先水平的成果。他与他的团队创建了培育籼粳中间型恢复系的技术与方法，突破了利用亚种间杂种优势选育超级杂交稻的技术瓶颈，首创以提高水稻生育后期光和能力为目标的育种技术体系，为超级杂交稻育种提供了新思路和方法。主持培育出通过国家和省级审定的杂交稻品种20个，其中6个品种被农业部确认为超级稻品种，4个品种9年次被农业部列为国家农业主导品种。育成品种在省内外累计推广6000多万亩，取得了显著的社会和经济效益。相关成果获4项国家奖和多项省部级奖，其中以第一完成人获国家技术发明二等奖和国家科技进步二等奖各1项，以参加人获国家科技进步特等奖和二等奖各1项。
