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科技创新工程采用绩效管理方式对研究所和科研团队进行管理与考评。

采取分级考评，农业农村部、财政部考评农科院、农科院考评研究所、研究所考评科研团队。采取分期考评，年度监测，三年中期评估，五年期满考评。采取分类考评，院对研究所考评按照作物园艺类、畜牧兽医类、其他专业类分组进行。

院与研究所、研究所与科研团队签订任务书，从体制机制创新、科技创新、成果转化与贡献、人才团队建设、科研条件建设、国际合作与交流、资金使用与管理等方面明确任务目标，进行全面综合评价，避免“四唯”。

考评结果与目标校正、动态管理、绩效预算等直接挂钩，提高财政资金使用效率?？计澜峁敖喜睢钡难芯克缓思蹩萍即葱鹿こ叹?，考评结果为“较差”的科研团队，将退出科技创新工程或被核减科技创新工程经费。