科技创新工程的稳定支持经费对中国农科院科技创新提供了坚实保障，解决了竞争性科研项目短周期资助与农业科研长周期之间的矛盾。
稳定支持和竞争支持相互衔接，互为补充，共同承担有区别的责任。由科技创新工程组织开展的重点科研任务，在列入国家相关科技计划支持前，通过科技创新工程经费支持开展前期研究，列入国家科技计划或其他中央财政科研项目支持后，科技创新工程退出支持，项目期结束后需要继续开展后续研究的，可通过科技创新工程继续支持，深化研究和成果培育。二者相互衔接，避免重复支持的同时，接续为科技创新提供资助。
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