作物科学所于2009年2月20～22日、25～28日，聘请国内相关领域的著名专家组成4个考核委员会，分别对作物种质资源、作物遗传育种、作物分子生物学、作物栽培生理四个系的各个课题组进行了五年综合分类考核，内容包括五年来科研方向与任务、研究工作进展、获奖成果、发表论文（著作）和获得专利等。翟虎渠院长、科技局领导，以及京区兄弟所等单位的领导和专家莅临会议并给予指导。
考核委员会在六天期间，分别听取了30多个课题组的五年研究工作汇报，并进行了质疑讨论，量化评价取得的成效?？己宋被崛衔魑锟蒲蟛糠挚翁庾槲迥昕己顺尚灾??？己俗一苟宰魑锟蒲难芯空铰圆季帧⒖翁庾檠芯糠较?、研究中存在的问题等，提出了非常中肯的意见和建议。
万建民所长对此次考核进行了总结，他指出作物科学所要进一步凝练和调整研究方向，突出重点目标，加强课题组之间以及与全国相关院所的分工合作，加强条件平台建设，继续引进优秀人才，促进作物科学又好又快发展。
目前，各课题组正在根据考核专家组的意见，制定整改方案。
