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    2006年6月15日，科技部农村科技司杜占元司长一行5人到中国农业科学院，就农业生物技术进行了考察、调研。
    杜司长一行首先来到生物技术研究所。著名分子生物学家、中国工程院院士范云六研究员向杜司长一行详细介绍了转植酸酶基因玉米、转ABP9基因水稻等研究进展。范院士课题组将具有自主知识产权的植酸酶基因通过转化玉米，得到稳定遗传、高效表达高活性植酸酶的转基因玉米纯合系，该成果居于国际领先水平；从玉米中克隆到具有自主知识产权、能够大幅度提高转基因植物对干旱、高盐和低温等多种逆境综合抗性的bZIP类转录因子ABP9基因，已成功转育并获得了耐旱性和耐盐性大幅度综合提高、稳定遗传的转基因水稻纯合株系。她希望国家在“十一五”期间，对富含高活性植酸酶玉米纯系产业化前期的遗传育种、转ABP9基因超级稻、油菜、大豆、玉米以及生物质能抗逆育种材料创制等予以进一步支持。
    2005年度中国十大科技新闻人物、知名科学家郭三堆研究员汇报了转基因三系杂交抗虫棉研究进展。他们在国内外首次成功创建了高产量、高纯度、高效率、大规模、低成本、直接应用的转抗虫基因三系杂交棉分子育种体系后，育成了抗性稳定、不育率和不育度达100%抗虫不育系27个，恢复率100%抗虫强恢复系7个，选配出一批增产显著、抗虫性强的新组合/品种，其中“银棉２号”是通过国家审定的第一个转双价抗虫基因的三系杂交棉新品种，该成果的广泛应用，将相当于再造一个长江流域棉区。郭专家呼吁国家应继续支持和加强三系杂交抗虫棉研究，重点开展不育基因、恢复基因以及恢复加强基因研究，探索三系杂交遗传分子基础，培育适宜不同棉区的高产、优质、广适三系杂交抗虫棉新品种，建设相应的三系杂交抗虫棉分子育种/繁种基地；以三系杂交抗虫技术体系为平台，创造新型种质资源，培育新型高产优质三系杂交抗虫棉新品种（系）。
    水稻功能基因组学专家路铁刚博士汇报了他们在水稻突变体库构建及重要农艺性状基因克隆方面的最新进展：创建了国际上最大的水稻T-DNA标签突变体库（12万份），获得了重要农艺性状突变体5000余份、插入位点侧翼序列5000余条，克隆了水稻重要功能基因10个（近20年来国际上已发表水稻功能基因总数仅50个）。路博士建议国家进一步加大对水稻突变体库研究的支持力度，希望在未来3-5年内能够克隆出产量、抗逆、优质、营养高效等重要农艺性状基因50个以上。
    在生物反应器技术研究方面，知名863专家贾士荣研究员着重汇报了他们在国际上首次利用油菜油体表达体系高水平表达治疗骨质疏松重要蛋白——鲑鱼降钙素（已获得国家发明专利）的最新进展，该项成果居于国际领先水平，为今后利用植物生物反应器大规模生产降钙素等医用蛋白提供了良好的技术平台。他建议“十一五”期间，国家应重视支持鲑鱼降钙素原料药生产和预防骨质疏松的功能食品开发，开展转基因油菜中目的蛋白表达检测试纸条研制，利用建立的油菜油体表达体系技术平台表达新的药用蛋白等。
    微生物学科带头人林敏博士在汇报中说，他们在转基因生物研究中不仅建立了极端污染环境生物降解微生物群落结构分析技术系统，克隆到草苷膦抗性相关功能基因4个，已申请国际PCT专利2项、美国专利1项，而且构建了新型高抗草甘膦转基因烟草、棉花等植株，其中抗草甘膦转基因棉花和油菜已进入生物安全评价的中间试验阶段，建议国家进一步加强新型除草剂基因资源发掘，开展抗草甘膦转基因作物新品种培育与应用、抗草甘膦转基因作物安全性评价等研究，以提高我国转基因技术应用水平。
    工程微生物环境修复专家伍宁丰博士汇报了她的课题组在有机磷农药降解酶制剂研究方面的成绩，已筛选出可降解多种有机磷农药细菌，成功克隆有机磷降解酶新基因，构建了国内外同类酶最高表达量的有机磷降解酶工程菌株，利用基因工程酵母菌生产有机磷降解酶的稳定发酵工艺已达中试水平，成果居于国际领先水平，并已成功转让并进入产业化阶段。她建议“十一五”期间国家进一步加强筛选酶学性质更优越、具有自主知识产权的微生物环境修复新基因挖掘与应用研究。
    在作物科学研究所，杜占元司长一行首先听取了973项目首席科学家贾继增研究员在小麦核心种质及功能基因组研究方面的工作汇报。贾首席课题组在国际上率先成功构建小麦核心种质，培育出300份高产、优质、抗病、抗逆的新种质；从核心种质中鉴定出5个新的抗白粉病基因，克隆了小麦抗旱、抗盐、品质等重要基因。他建议国家“十一五”应进一步支持小麦功能基因组学研究，开发高产、优质、抗逆基因，力争实现小麦产量提高10%，损失降低10%，水、肥、农药用量减少10%的长远目标。
    国际知名水稻遗传网络和分子育种专家黎志康博士，介绍了他们在水稻遗传网络与定向育种方面的进展。他们发现了控制水稻抗白叶枯病防卫体系的遗传网络，揭示了水稻对白叶枯病的完全（质量）抗性与部分（数量）抗性的遗传关系；建立了基于选择导入系和分子标记的高效数量性状位点，及其遗传网络检测的复杂农艺性状遗传剖析理论和方法；建立和发展了应用分子标记、导入系发现和定位影响目标性状基因/QTL原理与方法，使培育新品种的过程成为基因发现的过程。黎博士呼吁国家在“十一五”有关计划和专项中设置重大课题，支持“全球水稻分子育种协作网”进一步开展“基于导入系的主要农作物分子设计聚合育种”研究，使我国的作物分子育种达到世界领先水平。
    在功能性水稻分子育种方面，长江学者万建民博士汇报了课题组近年来取得的部分研究进展：已培育出适合肾脏病和糖尿病患者食用的低谷蛋白水稻新品种（已获得专利），利用酯氧化酶突变体作为亲本育成耐贮藏水稻新品系W017，获得进行酯氧化酶突变基因资源筛选和后代鉴定技术专利。他建议国家在“十一五”期间多支持功能性蛋白、活性多糖、必需微量元素、功能性维生素等功能性水稻研究。
    小麦分子育种研究取得了新进展。马有志博士在汇报小麦功能基因组、分子标记辅助育种研究工作时说，他们克隆了中间偃麦草抗小麦黄矮病基因Bdv2候选抗病基因和高抗多种病害中间偃麦草4类抗病信号传导、调控基因RAR1、SGT1、NPR1、ERF1，并利用分子标记辅助选择技术，选育出兼抗黄矮病、白粉病，兼抗白粉、条锈病，兼抗白粉、条锈、黄矮病的小麦新种质，应用分子育种技术已育成8个抗病、优质小麦新品种。建议国家进一步加强与小麦相关性状紧密连锁的分子标记的研发，应用分子育种技术选育新品种。
    青年玉米遗传育种专家李新海博士汇报到：他们建立了基于基因组学和生物信息学发掘玉米重要性状基因的技术体系，定位标记出抗玉米矮花叶病基因2个、抗丝黑穗病基因4个、抗粗缩病基因3个、耐旱基因2个；将我国400余份主要玉米自交系划分为6个杂种优势亚群和3个杂种优势群，归纳出2个主要杂种优势模式；建立了回交与标记选择相结合的优质蛋白玉米和抗玉米矮花叶病基因育种技术体系，选育出CD3、CD7等优质蛋白玉米自交系和20余个优质高产玉米新品种。他建议国家在“十一五”期间重点支持玉米重要性状新基因发掘、克隆和功能确证、玉米分子标记育种、玉米转基因技术研究及应用，以提高我国玉米育种水平。
    近年来，我国在大豆优异基因发掘和分子育种研究取得较快进展。大豆育种专家邱丽娟博士课题组已经克隆了抗大豆胞囊线虫病相关基因、耐盐相关基因等多个大豆功能基因，并利用自主开发的大豆胞囊线虫病（SCN）抗性基因SNPs标记，明确了我国抗性种质基因型分布特点；建立了分子标记辅助目标性状和遗传背景选择的方法和程序，以及优异基因聚合的选育体系，培育出一批新种质和新品种。她建议“十一五”期间国家应进一步支持大豆重要性状的功能基因/新型标记研究，完善高效基因型分子选择技术体系，建立规?；蠖棺蚱教?，综合集成常规方法与现代生物技术定向培育优质、高产、高抗、高效大豆新品种。
    在蔬菜花卉研究所，王晓武博士代表课题组，汇报了近年来率先开展蔬菜代谢组学和品质性状分子育种的研究进展，以及参与“国际芸薹属基因组计划”、与荷兰瓦赫宁根大学共同开展“白菜微量营养成分的基因组学研究”等执行情况。他们建立了高效的大白菜、小白菜、芜菁、甘蓝、青花菜和花椰菜等小孢子培养体系，在雄性不育理论与应用研究方面取得了突破性进展；研究取得的蔬菜分子标记辅助育种技术已进入实用化阶段。他建议国家在“十一五”期间应进一步支持芸薹属作物分子育种研究，利用拟南芥和芸薹属作物基因组测序成果、通过比较基因组和生物信息学手段，大规?？⒏咄?、低成本分子标记用于分子育种。
    在茄科作物功能基因组学和分子设计育种研究方面，黄三文博士汇报了“国际马铃薯基因组测序”等项目执行情况与进展：目前正在开展马铃薯第10、11号染色体测序，已成功克隆了世界上第三个抗晚疫病基因R3a；成功定位辣椒雄不育主效恢复基因，为恢复系转育节省一倍时间；在番茄品质分子育种取得突破，育成品种使番茄红素的含量提高了2/3；通过体细胞融合和小孢子培养，创造了茄子抗黄萎病新种质。他建议，国家在积极参与国际马铃薯基因组测序项目基础上，应进一步支持和加强茄科作物基因组测序研究，构建马铃薯、番茄、辣椒和茄子的饱和突变体库，重点筛选重要农艺性状突变体，开展重要农艺性状功能基因组学研究；构建全基因组分子设计育种平台，利用同源转基因（Cisgene）技术定向改良已有的优良品种和自交系。
    在农业资源与农业区划研究所，杜司长一行听取了环境微生物基因工程专家李俊博士的工作汇报。李博士课题组目前已经构建出具有快速分解秸秆和畜禽粪便功能、稳定协同共存、生态适应性强的复合菌系4个，并得到大面积示范，展示了良好的应用前景；成功构建出